De SKML is een netwerkorganisatie met nauwe relaties met de  Nederlandse wetenschappelijke verenigingen van beroepsgroepen betrokken bij medische laboratoriumdiagnostiek. Dat zijn:

De SKML is georganiseerd in momenteel 12 secties en een centraal facilitair bureau, CFB. Iedere sectie draagt de verantwoordelijkheid voor een afgebakend deel van de medische laboratoriumdiagnostiek waarvoor zij deskundig zijn. De voorzitters van de secties vormen samen het algemeen bestuur van de stichting waarin gemeenschappelijke wetenschappelijke kaders en ambities worden vastgesteld.

De leden van de secties worden door de SKML benoemd op voordracht van de betrokken wetenschappelijke verenigingen. Het algemeen bestuur wordt bijgestaan door een raad van advies.

Het algemeen bestuur benoemt een dagelijks bestuur dat verantwoordelijk is voor beleidsontwikkeling en de uitvoering van beleid door de leiding van het CFB. Het CFB wordt geleid door een directeur die de ondersteuning van de secties door het CFB in onderlinge samenhang coördineert en wetenschappelijk aanstuurt naast een bedrijfsmanager die het operationeel proces van het CFB coördineert.

Het algemeen bestuur van de SKML bestaat uit de voorzitters van de secties aangevuld met de leden van het dagelijks bestuur. Gezamenlijk zijn zij verantwoordelijk voor formuleren van het beleid van de SKML. Leden van het algemeen bestuur voeren deze functie onbezoldigd uit.

Het dagelijks bestuur van de SKML wordt aangesteld door het algemeen bestuur  en heeft als taak het door het algemeen bestuur geformuleerde beleid uit te voeren. Leden van het dagelijks bestuur voeren deze functie onbezoldigd uit.

Elke sectie heeft een bestuur waarvan de leden zijn voorgedragen door de eigen, aan het specialisme verbonden, wetenschappelijke- of beroepsvereniging. Binnen de SKML zijn de secties verantwoordelijk voor de opzet en organisatie van de rondzendingen die onder het desbetreffende specialisme vallen.

Het centraal facilitair bureau is gevestigd in Nijmegen en ondersteunt de secties en het  bestuur bij de dagelijkse gang van zaken omtrent alle rondzendingen. Tevens vormt het centraal facilitair bureau het primaire aanspreekpunt voor deelnemers.

De raad van advies komt tweemaal per jaar bijeen en brengt hierbij (on-)gevraagd advies uit aan dagelijks bestuur van de SKML. Leden van de raad van advies voeren deze functie onbezoldigd uit.